1. 平台订阅费
平台订阅费相当于店铺的月租，亚马逊会每月自动从卖家账户中扣除。当账户余额不足时，亚马逊会从绑定的信用卡中扣除。此费用适用于专业卖家账户，个人卖家账户则只需支付商品佣金及每售出一件商品0.99美元（欧洲站为0.75英镑）。目前，亚马逊美国站的订阅费为39.99美元/月，欧洲站为25英镑/月，日本站为4900日元/月。
2. 商品佣金（以美国站为例）
商品佣金是指卖家每售出一件商品时，亚马逊根据规定的佣金百分比收取的费用。一般商品佣金为销售价格的8%~15%，部分特殊类目可能有不同的佣金比例。
3. FBA费用
使用亚马逊物流服务的卖家，在售出商品后需支付FBA费用。该费用根据商品的尺寸和重量进行收取。
4. 库存仓储费
库存仓储费是亚马逊为卖家提供货物仓储服务而收取的费用，通常在每月的7—15日收取上月的费用。费用根据货物的平均体积收取，并在淡季和旺季有不同的收费标准。
5. 长期仓储费
除了每月的库存仓储费，亚马逊还会对在FBA仓库中存储超过365天的滞销产品征收长期仓储费，以促使卖家及时清理滞销库存，为其他卖家提供有效的存储空间。
自2019年1月起，亚马逊对长期仓储费政策进行了调整，自2019年2月15日起，仅对存放超过365天的产品征收长期仓储费，而181-365天的产品则不再收取。长期仓储费从FBA仓库收到产品的那天开始计算，实行“先进先出”的原则。卖家可以在后台查看哪些产品需支付长期仓储费。
长期仓储费的费率通常高于库存仓储费，因此不少卖家因未及时清理滞销库存而遭受经济损失。为避免此类损失，卖家可以在被征收长期仓储费前，主动提交移除订单，或设置自动移除，确保达到长期仓储费标准的产品被及时移除。
其他费用
在亚马逊平台运营店铺的过程中，卖家还可能产生移除库存费用、退货处理费用、PPC广告费、秒杀费用等，具体费用可根据实际运营情况选择支付。